Der Begriff Probiotikum kommt aus dem Griechischen und bedeutet so viel wie „für das Leben“ – pro = für und bios = Leben. Geprägt wurde der Begriff in den 50er Jahren des 20. Jahrhunderts. R. B. Parker hat ihn 1974 in einer Weise definiert, die der heutigen Anschauung sehr nahe kommt. Er bezeichnete Probiotika als „Organismen und Substanzen, die zur intestinalen mikrobiellen Balance beitragen“.

Es gab und gibt im Laufe der Jahre seit ihrer Entdeckung zahlreiche verschiedene Begriffsbestimmungen des Wortes „Probiotika“. Zwei der heute gebräuchlichsten Definitionen sind:

1. „Probiotika sind lebende Mikroorganismen, die, wenn in ausreichender Menge verabreicht, dem Wirtsorganismus einen gesundheitlichen Nutzen bringen.“ (Expertenkommission zur Anwendung von Milchsäurebakterien der Food und Agriculture Organisation (FAO) und der World Health Organisation (WHO), 2001).
2. „Probiotika sind definierte lebende Mikroorganismen, die in ausreichender Menge in aktiver Form in den Darm gelangen und dadurch positive gesundheitliche Wirkungen erzielen (Bundesamt für Risikobewertung (BfR), ehemals BgVV 1999: Arbeitsgruppe “Probiotische Mikroorganismenkulturen in Lebensmitteln”).