Probiotika sollen in erster Linie das Gleichgewicht der Darmflora günstig beeinflussen und die Funktionen des Darms unterstützen, damit verbunden die Verdauung fördern oder das Abwehrsystem und dadurch das allgemeine Wohlbefinden stärken. Sie dienen in Lebensmitteln hauptsächlich der Gesunderhaltung und Vorbeugung, sie können bei bestimmten Erkrankungen aber auch den Behandlungserfolg unterstützen.

Die genauen Effekte und Wirkmechanismen sind allerdings bisher noch nicht umfassend analysiert. Was die Untersuchungen erschwert, ist die Tatsache, dass die Bakterienstämme alle einzeln überprüft werden müssen. Jeder probiotische Bakterienstamm besitzt spezifische Eigenschaften, die nicht ohne weiteres auf andere, auch nahe verwandte Arten übertragbar sind. Daher gilt der in Studien erbrachte Wirksamkeitsnachweis nur für den jeweils verwendeten Stamm bzw. für das entsprechende probiotische Produkt. Bislang sind auch noch nicht alle vorkommenden Arten bekannt.

Auch Darreichungsform und Rezeptur probiotischer Produkte können einen Einfluss auf die Wirkung haben. Lebensmittel, bei denen die probiotischen Kulturen in einer „natürlichen“ Umgebung vorliegen, sind besonders vorteilhaft. Im Falle der zumeist verwendeten Milchsäurebakterien bieten sich daher Milchprodukte an. Da der Einfluss der Produktzusammensetzung auf den Zustand und die Wirkung der probiotischen Kulturen nicht immer klar ist, sollte darauf geachtet werden, dass Aussagen zur probiotischen Wirkung in erster Linie auf Basis von Studien mit dem gesamten probiotischen Produkt getroffen werden.