Neben den aktiv wirksamen Probiotika gibt auch so genannte Pre- oder Präbiotika – unverdauliche Lebensmittelbestandteile, die den Mikroorganismen im Darm als Nahrung dienen. Die meisten Prebiotika sind Kohlenhydrate, die im Dickdarm das Wachstum von Milchsäurebakterien, vor allem Bifidobakterien und Laktobazillen fördern. Sie passieren den Dünndarm weitestgehend unverdaut und dienen im Dickdarm den nützlichen Darmbakterien als Nahrung. So begünstigen sie indirekt durch ihre Nahrungsfunktion die Aktivität und Vermehrung der gesundheitsfördernden Mikroorganismen.

Zu den Prebiotika gehören zum Beispiel Ballaststoffe wie unverdaubare Oligosaccharide und Inulin. Oligosaccharide und Inulin kommen in pflanzlichen Lebensmitteln wie Artischocken, Chicoree, Knoblauch, Lauch, und Zwiebeln vor. Sie werden teilweise auch in Milchprodukten und anderen Lebensmitteln angeboten