Viele der natürlicherweise in fermentierten Lebensmitteln eingesetzten Bakterien erreichen den Darm erst gar nicht lebend. Oder es kommen zu wenige dort an um eine entsprechende Wirkung entfalten zu können. Einer der Gründe ist, dass die Bakterien nicht resistent gegen Magensäure, Gallensalze und Verdauungsenzyme sind. So sterben sie auf ihrer Reise durch den Körper bereits vor ihrer Ankunft im Darm ab. Daher verwenden Hersteller von probiotischen Produkten meist speziell ausgewählte Stämme, die besonders robust und widerstandsfähig sind und die Reise bis in den Darm besser überstehen.

Probiotische Bakterien können sich auch nicht dauerhaft im Darm ansiedeln und verschwinden wieder vollständig, wenn sie nicht regelmäßig zugeführt werden. Um positive Wirkungen auf die Gesundheit erreichen zu können, müssen Probiotika daher regelmäßig zu sich genommen werden.

Wichtigste Voraussetzung ist jedoch, dass die Mikroorganismen überhaupt lebend in ausreichender Menge im Produkt bis Ablauf des Mindesthaltbarkeitsdatums enthalten sind. Nicht bei allen probiotischen Produkten ist das gewährleistet.