Grundsätzlich sind Probiotika, die für den Einsatz in Lebensmitteln zugelassen sind, für gesunde Menschen völlig unbedenklich. Probleme können jedoch bei Personen auftreten, die an bestimmten Krankheiten leiden oder die sehr geschwächt sind. So ist der Einsatz von Probiotika bei schwerstkranken Personen mit massiv verminderter Immunabwehr in der Intensivmedizin wie bei akuter Pankreatitis in jedem Fall zu vermeiden. Für Morbus Chrohn und Colitis ulcerosa gibt es zwar einige Studien mit vielversprechenden Ergebnissen bezüglich der Erholungsphasen zwischen den akuten Krankheitsschüben (Remission) bisher besteht jedoch keine gesicherte Indikation für den Einsatz von Probiotika bei entzündlichen Darmerkrankungen.

Am besten sollte bei allen Erkrankungen eine Rücksprache mit dem behandelnden Arzt erfolgen, vor allem aber:

• vor und nach Operationen,
• bei einer starken Schwächung des Immunsystems (z. B. HIV-Infektion)
• bei Autoimmunerkrankungen sowie
• bei starker körperlicher Schwäche
• bei Nahrungsmittelunverträglichkeiten