Sind in einem Produkt sowohl Probiotika als auch Prebiotika enthalten, spricht man von einem Synbiotikum. Pro- und Prebiotika ergänzen sich hier in ihren Wirkungen, den Bakterien wird die passende Nahrung gleich mitgeliefert. Synbiotika können die erwünschten Wirkungen erhöhen, dadurch aber zum Beispiel auch zu vermehrten Blähungen führen. Die Reaktionen auf die Einnahme können individuell sehr unterschiedlich sein. Wer Synbiotika zu sich nimmt, sollte auch berücksichtigen, dass manche Lebensmittel wie Chicoree oder Topinambur natürlicherweise Prebiotika enthalten und die Wirksamkeit von Probiotika daher verstärken können.